Organisasi / Institusi mufti mula wujud sebelum Tanah Melayu merdeka. Pada tahun 1957 (selepas merdeka), Negeri Melaka telah pun mewujudkan satu enakmen yang dinamakan Enakmen Pentadbiran Hukum Syarak Negeri Melaka 1959 (dipinda pada tahun 1991 dan 2002). Jawatan Mufti dan fungsinya diwujudkan secara rasmi di bawah enakmen ini.

Di peringkat awal, Jabatan Mufti Melaka merupakan salah satu bahagian di Jabatan Agama Islam Melaka (JAIM). Ia dikenali sebagai Bahagian Fatwa. Bagaimanapun, pada tahun 1996, Jabatan Perkhidmatan Awam (JPA) telah mengeluarkan surat pekeliling mengenai pengasingan Bahagian Fatwa daripada Jabatan Agama Islam setiap negeri di Malaysia. Semenjak itu, bermulalah wujudnya sebuah institusi fatwa di Negeri Melaka yang dikenali sebagai Pejabat Mufti Negeri Melaka yang diletakkan di bawah Jabatan Ketua Menteri Melaka.

Berdasarkan kepada hasrat penubuhan jabatan ini di bawah enakmen tersebut, JMM telah menyusun strategi agar dapat mempertingkatkan sumbangannya bagi meninggikan syiar Islam di dalam Negeri Melaka melalui perkara-perkara berikut:

• Mengeluarkan fatwa atas apa-apa persoalan yang belum muktamad atau menimbulkan kontroversi yang dengan berhubungan dengan hukum syarak;
• Mempertingkatkan kefahaman dan penghayatan masyarakat terhadap syariat Islam yang sebenar;
• Membangunkan bidang Falak Syarie melalui aktiviti pendidikan, penyelidikan dan astro-pelancongan;
• Mengadakan penyelidikan dan pembangunan (R&D) dalam bidang fatwa dan falak;
• Memanfaatkan teknologi maklumat dan komunikasi dalam seluruh aktiviti jabatan; dan
• Mewujudkan hubungan kerjasama dengan agensi, badan berkanun, institusi pendidikan atau pertubuhan bukan kerajaan yang berkepakaran dalam bidang berkaitan.